MTÜ Kesk-Eesti Jäätmehoolduskeskuse kõrgemaks juhtimisorganiks on üldkoosolek.
MTÜ Kesk-Eesti Jäätmehoolduskeskuse üldkoosolekul on 10 liiget. Igal liikmel on üldkoosolekul üks hääl, olenemata omavalitsuse elanike arvust.
MTÜ KEJHK üldkoosolekud toimuvad vähemalt 2 korda aastas.
Juhatus on 8 liikmeline.

Juhatuse liikmed:
Rait Pihelgas – esimees 
Kalle Toomet – aseesimees
Ain Valu
Elari Hiis

Peeter Saldre
Alar Karu
Taimo Tugi
Arvo Rosimannus

Juhatuse koosolekud toimuvad vastavalt vajadusele kuu esimesel neljapäeval algusega kell 10:00.